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本項目①在國際上創造性地提出了利用小農模式下玉米、小麥、大豆和花生等棉鈴蟲寄主作物所提供的天然庇護所治理棉鈴蟲對Bt-Cry1Ac棉花抗性的策略；②通過闡明棉鈴蟲對Bt棉花抗性的演化規律和風險評估，提出了以嚴格禁止種植生長中后期殺蟲蛋白低表達的Bt棉花品種和商業化Bt-Cry1A類轉基因玉米、大豆、小麥等為核心的抗性預防性治理技術體系；③首次揭示了棉鈴蟲鈣黏蛋白和氨肽酶N基因突變導致對Bt棉花產生抗性的分子機制。建立了由DNA分子檢測、單雌家系檢測和生長抑制檢測組成的棉鈴蟲抗性早期預警與監測技術體系，可分別進行抗性基因（靈敏度為0.0001）、抗性個體（靈敏度為0.001）和抗性種群（靈敏度為0.01）3個水平的抗性檢測和監測。
　　農業部在轉基因生物安全評價法規制訂、農業轉基因生物安全檢定及標準體系、檢測體系建設過程中，將上述成果用于我國Bt棉花安全性評價、商業化種植的安全性管理和檢測體系建設。先后通過發布“農業部公告第410號”和“農業部公告第989號”等，全面實施了以棉鈴蟲對Bt棉花抗性預防性治理為核心的Bt棉花安全性管理政策。基于抗性治理的需求，建立和認證了轉基因抗蟲棉花環境安全性評價機構，重點檢測Bt棉花生長中后期Bt蛋白的表達量和穩定性。2002—2009年間農業部共計發放轉基因抗蟲棉花安全證書1 252份，并基于棉鈴蟲抗性治理的需要，否決了多家國外公司在我國商業化種植表達Bt-Cry1A類基因玉米的申請。
　　通過本項成果的應用，在大規模商業化種植Bt棉花10余年后，我國各地棉鈴蟲自然種群對Bt棉花的敏感性和商業化種植之前相比沒有明顯變化，Bt棉花對棉鈴蟲的抗性效率沒有降低。此外，該成果還為農業部制定我國Bt作物發展戰略提供了科技支撐，對推動我國轉基因作物的健康發展有重大而深遠的意義。