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科技創新工程于2013年在農業農村部和財政部的大力支持下啟動實施，分為試點期（2013-2015年）、全面推進期（2016-2020年）和跨越發展期（2021-2025年）三個階段。目的是以機制創新撬動院所改革，以穩定支持增強創新能力，以重大成果驅動農業農村發展。科技創新工程是國家支持中國農業科學院長期穩定開展農業科技創新的重大舉措，體現了國家對農業科技的高度重視。

十年來，中國農科院立足職能定位和優勢特色，將科技創新工程作為“一號工程”，大膽深化內部改革，探索建立了緊密結合“四個面向”的三級學科體系，以科研團隊為創新單元的科研組織模式，以穩定支持為核心的科研投入機制，以聯合攻關為特征的重大任務機制，以科研產出為導向的績效管理機制，以建設一流院所為目標的現代院所制度等“六大管理機制”，人才保障能力、平臺支撐能力、科技創新引領能力、國際學術影響力等“四大創新能力”獲得大幅提升。全院34個研究所300多個科研團隊充分發揮農業科研國家隊作用，潛心科研，持續攻關，取得了一批重大創新成果，科技創新活力得到激發，創新能力加快提升，現代院所制度逐步完善，發展速度大幅加快，發展水平躍上了新臺階，顯著提升了國家戰略科技力量的創新能力和水平。

對標總書記賀信精神和新時期歷史使命，中國農科院提出實施“科技創新工程躍升計劃”，聚焦“種子、耕地、生物安全、農機裝備、綠色低碳、鄉村發展”等國之大者，建設一批引領世界農業科技創新前沿的科學中心；聚焦事關“三農”發展全局的重大科技問題，整合科研團隊打造系列產業專家團；聚焦農業農村主戰場，打造一批支撐服務鄉村振興的區域中心。通過深化體制機制創新，持續提升創新能力，促進重大突破性科研成果產出，履行好引領支撐鄉村振興和農業強國建設的職責使命。