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科技創新工程的穩定支持經費對中國農科院科技創新提供了堅實保障，解決了競爭性科研項目短周期資助與農業科研長周期之間的矛盾。
穩定支持和競爭支持相互銜接，互為補充，共同承擔有區別的責任。由科技創新工程組織開展的重點科研任務，在列入國家相關科技計劃支持前，通過科技創新工程經費支持開展前期研究，列入國家科技計劃或其他中央財政科研項目支持后，科技創新工程退出支持，項目期結束后需要繼續開展后續研究的，可通過科技創新工程繼續支持，深化研究和成果培育。二者相互銜接，避免重復支持的同時，接續為科技創新提供資助。
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