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科技創(chuàng)新工程采用績效管理方式對研究所和科研團隊進行管理與考評。

采取分級考評，農業(yè)農村部、財政部考評農科院、農科院考評研究所、研究所考評科研團隊。采取分期考評，年度監(jiān)測，三年中期評估，五年期滿考評。采取分類考評，院對研究所考評按照作物園藝類、畜牧獸醫(yī)類、其他專業(yè)類分組進行。

院與研究所、研究所與科研團隊簽訂任務書，從體制機制創(chuàng)新、科技創(chuàng)新、成果轉化與貢獻、人才團隊建設、科研條件建設、國際合作與交流、資金使用與管理等方面明確任務目標，進行全面綜合評價，避免“四唯”。

考評結果與目標校正、動態(tài)管理、績效預算等直接掛鉤，提高財政資金使用效率。考評結果為“較差”的研究所，將被核減科技創(chuàng)新工程經(jīng)費，考評結果為“較差”的科研團隊，將退出科技創(chuàng)新工程或被核減科技創(chuàng)新工程經(jīng)費。