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構建以學科方向為引領、以科研團隊為主體、以科研任務為主責、以平臺基地為支撐的一體化科研組織方式和農業科技創新模式，充分發揮建制化優勢，彰顯體系化能力。

圍繞國家戰略需求，構建形成“11大學科集群—58個學科領域—283個重點方向”三級學科體系，建立起以學科體系為指引的創新導向機制。

按照學科體系的研究方向，將全院30多個研究所原有的1000多個課題組，優化整合為300多個科研團隊，建立起以科研團隊為創新單元和創新主體的科研組織模式。團隊實行首席負責制、首席接續機制、使命任務引領機制和團隊調整退出機制，圍繞國家重大戰略需求和院所職責使命持續開展科研攻關，為解決重大農業科技問題提供高質量的科技成果。