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　　沼氣發酵功能微生物是沼氣發酵的核心，其數量的多寡和活性的強弱直接決定沼氣發酵的效率。產甲烷古菌是原料代謝過程中最末端的功能微生物，也是眾多沼氣發酵功能微生物中最關鍵的一類，我們可以通過觀察產甲烷古菌的生長而對沼氣發酵體系的運行狀況作出初步診斷。

　　產甲烷古菌具有獨特的輔酶F420，可以在波長420nm的紫外光照射下發出藍綠色的熒光，由此區分產甲烷古菌和非產甲烷古菌。熒光顯微鏡可以幫助我們直觀地觀察發酵體系中產甲烷古菌的生長狀況。