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　　中國農業科學院新疆、海南綜合實驗基地于2008年11月分別以《農業部辦公廳關于中國農業科學院新疆綜合實驗基地建設項目初步設計和概算的批復》（農辦計〔2008〕135號）和《農業部辦公廳關于中國農業科學院海南綜合實驗基地建設項目初步設計和概算的批復》（農辦計〔2008〕118號）取得批復。院基本建設局和棉花研究所的有關同志一起克服遠距離管理、地方性規定多等諸多困難，于2009年9月和11月分別完成了施工、監理招標，順利開工。
　　新疆綜合實驗基地建設項目于2009年10月25日開工建設，合同工期330天。該項目建設地點位于新疆阿克蘇市南工業園區、新疆石河子總場和溫宿縣青年農場，主要建設內容為新建綜合用房5482.86平方米，種子庫和掛藏室1472.1平方米，曬場4000平方米；建設田間滴灌工程2000畝，打機井4眼；購置儀器設備33臺（套）。項目總投資2380萬元。
　　海南綜合實驗基地建設項目于2009年12月20日開工建設，合同工期365天。該項目建設地點位于海南省三亞市田獨鎮荔枝溝和大茅基地，主要建設內容為新建實驗室及配套用房5101.75平方米，建設標準化實驗田500畝，田間工作用房716.82平方米，購置實驗儀器設備243臺（套）。項目總投資2710萬元。
　　綜合實驗基地建設是我院“十二五”和“十三五”基本建設的重點，通過綜合實驗基地建設提高我院科研條件水平和科研效率，實現我院科研資源在全國主要農業生態區和主產區的布局和覆蓋，同時將大規模地集成、展示我院科研成果，輻射帶動農業生產。兩個項目的順利開工標志著我院綜合實驗基地在全國主要農業生態區和主產區的布局、建設正式拉開帷幕。