近日，中國農業科學院深圳農業基因組研究所（嶺南現代農業科學與技術廣東省實驗室深圳分中心）、佛山鯤鵬現代農業研究院研究員唐中林團隊在《基因組蛋白質組與生物信息學報》（Genomics, Proteomics & Bioinformatics）發表了論文。該研究發布了豬整合多組學數據庫PIGOME（https://pigome.com），為豬功能基因組研究與分子育種提供了“一站式”分析平臺。
豬不僅是我國居民最主要的動物蛋白來源，也是人類發育和疾病的重要模型。近二十年來，隨著高通量測序技術的快速發展，產生了海量的多組學數據，這些數據來源于豬的不同品種、發育階段和組織，有助于豬的進化、復雜性狀形成和疾病等研究。然而，這些數據來自于不同實驗室和測序平臺，存在檢索困難、管理分散、數據處理不統一和可視化困難等問題。如何深入挖掘并整合分析公共數據面臨很大的挑戰。針對這些問題，研究人員開發了PIGOME數據庫：一個豬綜合性多組學整合數據庫。
據悉，PIGOME數據庫包含來自392個項目的6901個豬的樣本，涉及113個品種、71個組織和29個發育階段的7種不同類型的組學數據，同時整合了大量注釋信息和分析工具。PIGOME為用戶提供了友好的界面，可通過交互式網頁、強大的搜索引擎和高級工具瀏覽和分析組學數據。整合的基因組、轉錄組和表觀基因組數據為發現豬重要經濟性狀和人類相關疾病相關的靶基因和位點提供了一種快捷有效的方法。PIGOME為豬的功能基因組學研究提供了重要平臺，對動物遺傳學、育種和生物醫學研究等領域具有重要價值。
唐中林、基因組所（大鵬灣實驗室）副研究員楊亞嵐為論文共同通訊作者。基因組所在讀博士生韓郭皓（原科研助理）、基因組所和河南大學聯合培養碩士生楊朋（已畢業）為論文共同第一作者。該研究得到國家重點研發計劃、國家自然科學基金、深圳市科技重大專項和中國農業科學院創新工程等的資助。
相關論文信息：https://doi.org/10.1093/gpbjnl/qzaf016
