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    棉花新品種培育技術從傳統走向分子階段中，863計劃功不可沒。

    在該計劃的“優質高產棉花分子品種創制”和“棉花功能基因組學研究與應用”等項目的支持下，研究人員建立的棉花遺傳轉化平臺，為棉花外源基因功能驗證提供了技術支撐；完成的棉花基因組測序，為棉花生物學研究提供了重要的基礎數據庫。并將兩者結合，為我國棉花重要功能基因挖掘與利用、分子育種，乃至全基因組設計育種提供前所未有的機遇，標志著我國棉花生物學研究進入了快速發展階段。

    棉花遺傳轉化中存在轉化周期長、效率低、試驗不能重復、培養體系不穩定等問題，中國農業科學院棉花研究所發現主要原因是棉花是常異交作物，沒有純系。

    研究人員以建立“棉花葉柄組織培養與高分化率材料選育方法”為突破，建立了以田間活體棉株葉柄為外植體的棉花成熟組織培養高效再生技術體系與高分化率材料選育方法。

    目前，研究人員選育出來分化率穩定的材料20份；建立了穩定的組織培養體系，新體系的轉化率達32.9%，是原來的2.88倍；葉柄轉化率為51.8%，是原來下胚軸轉化率的4.5倍；利用新體系為國內17個單位的實驗室轉化驗證156個候選基因。

    新體系創造大量轉基因新材料，上交國家中期庫材料865份；培育的材料獲農業部不同階段安全性評價批準165份，其中獲轉基因生物安全證書的材料有47份。

    經中國農科院棉花研究所育種課題組研究應用，培育出轉基因棉花品種24個。轉基因材料還被河南農科院、浙江大學等引用，培育出轉基因棉花新品種20多個，創造經濟效益17.86億元。

    該研究所還完成了二倍體栽培棉品種-亞洲棉全基因組測序。研究人員利用高分辨率的遺傳連鎖圖譜，將90.4%的基因組序列定位到13條染色體上，發現亞洲棉蛋白編碼基因數量為41330個。測序結果為棉花重要農藝性狀分子機制的解析、基因資源挖掘與利用、遺傳改良、異源多倍體的形成及演化規律等多個研究提供了支持。