作為我國農業科技創新的國家隊的中國農業科學院，“十一五”期間緊緊圍繞國家重大需求，深化完善九大學科群建設，以學科建設為先導，積極實施學科、項目、經費、人才、條件一體化戰略，著力加強自主創新，著力加強科研管理，促進了科技工作新的繁榮與發展，為我國農業、農村發展提供了強有力的科技支撐。
全院共主持國家及行業重大科技項目5741項，科研項目合同經費總額達到36.34億元。取得各類科技成果643項，獲獎成果336項；獲各項專利授權675項,獲審定新品種358個、新品種保護權78項、新獸藥證書36個、軟件著作權201個。
“十一五”以來，全院共組織科技下鄉7.2萬人次，組織舉辦現場展示會、觀摩會、技術培訓、技術講座、技術咨詢等活動1.1萬場次，直接或間接培訓基層技術人員和農民283萬人次，發放科技圖書、資料等1468萬份，推廣新品種1722個、新技術153項，新品種、新技術示范推廣面積累計4億畝，推廣禽類18億羽、牲畜6300萬只（頭）。“十一五”以來，應用“矮敗小麥”育種技術已育成32個新品種。國產抗蟲棉的種植面積已占到全國抗蟲棉種植面積的95%，全國累計推廣1.67億畝，新增產值超過470億元。
“十一五”期間，中國農科院全面啟動科技創新團隊建設工程，遴選出首批13個院級優秀科技創新團隊、90個所級重點科技創新團隊，進一步優化人才資源配置，凝聚創新能力。
中國農科院院長翟虎渠表示，“十二五”期間，中國農科院將繼續加強自主創新，引領新時期全國農業科技發展。著重體現在三個方面：一是著力加強農業科學技術原始創新；二是積極搶占農業科技競爭制高點；三是突出解決農業生產重大科技問題。（周錚）
