據中國農科院最新消息，該院茶葉研究所和深圳農業基因組研究所主導，聯合中國科學院昆明動物研究所和云南省農科院茶葉研究所等，首次組裝了“龍井43”染色體級別的基因組，解釋了“龍井43”質優、抗逆的分子本質，并描繪了栽培茶樹的進化路線圖。該研究為茶樹基因組學和育種研究，以及茶樹遺傳和進化研究提供了豐富的素材。相關研究成果在線發表于《自然通訊》上。
中國農科院茶葉所研究員楊亞軍介紹，茶起源于中國而風靡于世界，茶樹在我國分布廣泛，種質資源豐富，六大茶類各具特色，而有關茶樹進化的研究尚少。
研究團隊首先以我國著名的優良茶樹品種“龍井43”為材料，利用研究團隊自主開發的三代組裝軟件結合高Hi-C等技術，克服了其基因組高度雜合、重復序列比例高等復雜基因組組裝難題，完成了“龍井43”染色體級別的基因組組裝。“龍井43”基因組大小為3.26Gb，scaffold N50達到143.85Mb，具有較好的連續性，在單堿基水平和scaffold水平上都達到了較高的準確性，獲得了33556個高質量的注釋基因。研究發現，“龍井43”與抗病、風味代謝及自交不親和相關基因家族發生擴張，與抗逆等相關的基因發生正選擇。
基于組裝的高質量基因組，研究團隊對來自世界不同國家和地區的139份有代表性的茶樹材料進行了深度重測序，研究結果揭示了茶樹群體的系統發生關系，描繪了栽培茶樹的進化歷史。研究發現，隨著栽培區域的擴張，茶樹種群間的雜合性和廣泛的基因流增加了；茶樹野生近緣種群是中小葉茶品種（植物分類上多屬于茶變種）和大葉茶品種（植物分類上多屬于阿薩姆茶變種）的祖先，馴化過程中二者的選擇方向存在差異，中小葉茶（茶變種）在長期馴化過程中與茶葉風味相關的萜烯類代謝基因和抗病相關基因受到選擇強于大葉茶（阿薩姆變種）茶樹。
