近日，《園藝研究》（Horticulture Research）在線發表了中國農業科學院柑桔研究所構建完成的柑桔全基因組變異數據庫CitGVD（http://citgvd.cric.cn/home），這是第一個園藝類作物全基因組變異數據庫。
柑桔是全世界最重要的商業水果作物之一。當前，柑桔類物種的大量基因組重測序數據涌現，可被用來評估種質遺傳關系和開發分子標記，以期服務于柑桔分子育種和全基因組選擇輔助育種。為方便訪問、利用和分享這些數據，國家柑桔品種改良中心研究員陳善春團隊開發了一個基于Web的數據庫，即柑桔基因組變異數據庫。
據悉，這是第一個針對柑桔且專用于全基因組變異數據和分析的專業數據庫，其中變異數據包括單核苷酸多態性（SNP）和插入缺失（INDEL）。CitGVD V1.0包含了來自內部測序項目和公共資源的346個種質的1493258964個高質量基因組變異位點和84個表型數據。
CitGVD集成了基因組變異位點注釋、相關基因注釋以及有關種質的詳細信息，并集成了多種內置工具來進行數據訪問和深入分析。這些功能使CitGVD成為柑桔相關研究的綜合Web門戶和生物信息學平臺，也為構建其他農作物的全基因組變異數據平臺提供了范例。
相關論文信息：https://doi.org/10.1038/s41438-019-0234-3
