近日，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京畜牧獸醫(yī)研究所牛遺傳育種科技創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)通過整合多組學(xué)信息，研發(fā)出基因組預(yù)測新方法，顯著提升了肉牛重要經(jīng)濟(jì)性狀的預(yù)測準(zhǔn)確性，為揭示復(fù)雜性狀遺傳基礎(chǔ)和優(yōu)化基因組選擇策略提供了新思路。相關(guān)研究成果發(fā)表在《生物學(xué)指南（Biology Direct）》上。
國內(nèi)外研究表明，利用轉(zhuǎn)錄組、表觀組等多組學(xué)信息可有效鑒定與表型相關(guān)的功能調(diào)控位點(diǎn)，把基因表達(dá)、表觀修飾等信息整合到預(yù)測模型，可顯著提高預(yù)測準(zhǔn)確性。研究人員根據(jù)華西牛的43個經(jīng)濟(jì)性狀表型和填充測序變異，構(gòu)建了覆蓋基因組、轉(zhuǎn)錄組、代謝組和表觀組等層次的11個功能單核苷酸多態(tài)性分組，研發(fā)了整合多組學(xué)的基因組預(yù)測新方法。
研究表明，上述新方法與全基因組測序數(shù)據(jù)相比，高評分的前10%單核苷酸多態(tài)性組的預(yù)測準(zhǔn)確率大幅提高，貝葉斯B方法模型下預(yù)測準(zhǔn)確率平均提高11.6%，基因組最佳線性無偏預(yù)測方法平均提高7.54%。在與肉牛經(jīng)濟(jì)效益顯著相關(guān)的日增重和宰前活重兩個性狀上，貝葉斯B方法預(yù)測準(zhǔn)確率分別提高6.70%和5.73%。
該研究得到了國家重點(diǎn)研發(fā)計劃和國家自然科學(xué)基金等項(xiàng)目的資助。（通訊員 付松川）
原文鏈接：https://biologydirect.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13062-024-00574-y
