10月16日,中國農業科學院深圳農業基因組研究所聯合國內多家高校和科研單位發布了首個萬份水稻群體變異圖譜,為進一步探究水稻群體遺傳和功能基因組研究提供了重要參考。相關研究成果發表在《核酸研究(Nucleic Acids Research)》上。
水稻是世界上最重要的糧食作物之一,其自然變異是基因改良和現代育種的重要遺傳基礎,從更大規模的水稻群體中鑒定基因組自然變異,挖掘稀有變異及其潛在應用對水稻育種具有重要意義。
科研人員結合水稻超級泛基因組對一萬多份水稻進行了群體水平最大的自然變異分型,構建了水稻超大規模的群體基因組變異數據集,并在此基礎上,將一萬份群體重新劃分了亞群,糾正了部分水稻秈粳分類上的錯誤;利用萬份水稻群體變異,廣泛分析了重要功能基因在不同亞群中的群體頻率和豐富的等位基因型,鑒定了其中的優異自然變異;建立了面向全球用戶的在線數據庫平臺,提供單倍型整合分析、變異圖譜分析和系統發育樹分析等多個常用功能。該研究為開展水稻的自然變異研究提供了重要方法參考和有力工具。
該研究得到國家自然科學基金基礎科學中心、廣東省自然科學基金杰出青年基金、中國農科院青年創新專項資金的支持。(通訊員 馬昕怡)
原文鏈接:https://doi.org/10.1093/nar/gkad840