李家洋強調，科技創新工程是一項系統工程，涉及全院工作的方方面面，在推進實施過程中要妥善處理好六大關系。一要處理好院為統領與所為基礎的關系。調動院所各級各部門共同參與，形成院、所、科研團隊上下聯動、共建共管、分級負責的新機制，科技上突出創新，管理上強化改革，提高院所管理水平和整體運行效率。二要處理好先試與后試的關系。先進入試點的研究所，要大膽創新，扎實組織實施，充分發揮先行先試的示范帶頭作用；暫未進入試點的研究所，要抓緊完善方案設計，積極創造條件，爭取盡早進入。三要處理好增量與存量資源的關系。充分利用現有科技資源，合理銜接創新工程與現有科技計劃、專項、基金等任務，以科技創新工程增量經費帶動全院存量資源的優化配置，提高資金使用效率和投入產出率。四要處理好科研團隊與協同創新的關系。既要嚴格遴選團隊首席科學家，打造一流科研團隊，又要健全完善院內學科集群之間、院內外科技力量、國內外科技力量三個層次的協同創新機制，加強科研協作和聯合攻關。五要處理好“硬件”建設與“軟件”提升的關系。既要大力提升科研基礎設施、科學儀器設備、科研測試平臺等方面的“硬件”水平，更要著力整合資源、優化布局，加快提升“硬件”設施的開放共享水平，提高科技資源的使用效益。六要處理好改革與穩定的關系。既要大力推動改革創新，又要做好宣傳與思想工作，凝聚共識，化解矛盾，維護科研秩序的和諧穩定，為創新工程的推進營造良好氛圍。
李家洋要求，各單位要盡快行動起來，根據實施方案和工作部署，加強組織領導，明確各項工作任務。院機關各部門要根據職責分工，盡快完善并出臺各項管理辦法。各研究所要根據實施方案和有關辦法，深入研究，抓緊制定相應的配套措施，做好實施創新工程的準備工作。要通過多種形式加強宣傳引導，使全院職工對創新工程有全面了解和正確認識，充分調動大家的積極性和創造性，把力量凝聚到創新工程各項工作上來，以時不我待的緊迫意識、舍我其誰的使命意識、不進則退的危機意識，力爭做到改革有突破，發展有重點，創新有實效，為國家農業科技創新事業和全國農業科技體制機制改革探索做出無愧于時代、無愧于人民的貢獻。
唐華俊對科技創新工程的實施背景、主要任務、實現目標等有關情況作了詳細說明，簡要介紹了科技創新工程自年初正式啟動實施以來的工作進展，并對下一階段重點工作進行了具體部署。他說，近兩個月來，院里多次召開院黨組會、院常務會研究部署科技創新工程重大事項，籌備成立了“院科技創新工程戰略咨詢委員會”、“院科技創新工程管理中心”及其辦公室，組織起草了科技創新工程綜合管理、崗位管理、薪酬管理、經費管理以及試點遴選等辦法，并經多次討論修改完善，為做好今年的試點工作打下了良好基礎。他要求，各研究所要根據本次會議上提交討論的各項管理辦法及試點研究所的申報要求，廣泛動員，主動謀劃，積極申報，確保首批試點研究所的遴選工作按期完成。院機關有關部門要根據科技創新工程的總體部署，完成基地平臺、未啟動的重點研究方向、重大科技命題等各項任務的前期預研工作，為開展明、后兩年的試點工作做好準備。
陳萌山在主持時指出，科技創新工程是決定中國農科院今后發展能否真正承擔起國家級農業科研單位使命的重大機遇、重大考驗，是事關全院跨越式發展的一件大事，是推動農業科技進步、探索科技體制改革新路的一項重大舉措，中央領導及有關部門高度關切，全國農業科研單位和社會各方面廣泛關注，全院廣大干部職工和科技人員翹首以盼。科技創新工程不是一般的科研專項，在立項、管理、評價上有別于現在的各項科研計劃。它是對現有科研體制機制的再造和創新，必將促進全院科技創新和管理工作的深刻變革，為實現跨越式發展和建設世界一流農業科研院所提供難得機遇和強大的發展動力。
陳萌山強調，今年是科技創新工程實施的第一年，開局起步面臨的都是全新的問題、全新的工作，任務十分緊迫，不容許有絲毫的猶豫和懈怠。必須站在全局的高度、以改革發展的眼光，正確理解科技創新工程，正確對待創新工程先進入和后進入的問題。
陳萌山要求，各單位要切實按照李家洋院長的講話精神和這次會議的部署，迅速形成共識，真正做到凝神靜氣，上下一心，全力做好試點工作。今年進入試點的研究所，要按照試點的要求迅速落實；今年沒有進入試點的研究所，也要抓緊時間，進一步創造條件，加以完善，做好進入的準備。同時，要圍繞科技創新工程加強思想政治工作，建設服務型院所管理機關，為科研創新創造條件、優化環境、營造氛圍。各單位黨政一把手尤其是黨委書記，要切實做好思想政治工作，發揮保障作用。
會上還就創新工程試點遴選辦法及有關管理辦法作了專題報告，并進行了分組討論。
