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　　按照科學技術部、財政部、中編辦《關于農業部等九個部門所屬科研機構改革方案的批復》（國科發政字[2002]356號）的精神，在中國農業科學院原子能利用研究所學科調整的基礎上，中國農業科學院農產品加工研究所于2003年12月19日正式掛牌成立。
　　建所以來，農產品加工所圍繞我國產業結構調整、農業產業化過程中的關鍵技術需求和中國農業科學院“三個中心、一個基地”建設戰略目標，結合我國農業生產、食品科學和居民消費的自身特點，以學科建設為核心，按照市場要求進行大膽改革與創新，極大地調動了廣大職工的工作積極性和創造性，在機構調整、制度建設、科研與學科建設、產業發展、人才引進與培養、后勤服務等方面都取得了較好的效果。
　　一、農產品加工研究所的組建
　　在2003年2月份，農產品加工所完成了對原原子能所學科的重大調整。輻射育種、生物技術、環境生態、輻射昆蟲不育等學科分別進入了作物所、生物所、環發所、土肥所和植保所。在此基礎上，吸引作物所、品資所有關從事農產品加工研究的力量，開始了建設食品科學與工程學科和組建中國農業科學院農產品加工研究所的工作。
　　農產品加工研究所成立后，不斷摸索研究所的發展道路，按照中國農科院“三個中心、一個基地”的戰略目標，在廣泛聽取各方意見和建議的基礎上，通過多次討論和研究，制定并完善了農產品加工研究所的建設方案，明確了研究所的總體發展目標和各階段發展目標、學科調整的原則和學科建設的方向、產業發展目標和管理方式、管理機構與人員組成等一系列事關研究所發展的戰略性問題。
　　總體發展目標：爭取用5～10年時間，構建中國現代化的，具有農業產業背景和農產品加工特色的食品科學與工程的研究、試驗、中試中心，食品工程技術的孵化中心，農產品產業化開發的示范中心及食品科學與工程高級人才的培養基地，為發展我國農產品加工業提供關鍵技術、現代工藝和新產品。利用科研和技術優勢，聯合相關企業，組建加工企業和企業集團研發中心，提高研究所的創新和創收能力。
　　學科建設規劃：農產品加工研究所將重點建設4個中心，即食品科學研究中心（包括6～8個實驗室）、農產品加工工程中心、輻照產品監督檢驗測試中心及食品科學與技術咨詢中心。
　　科研工作重點：研究所近期科研工作重點包括產業結構調整，農業產業化關鍵技術與產品、食品質量與安全監督保障關鍵技術與產品、功能食品和新資源食品的開發與利用技術，以及食品加工新工藝、新技術、新產品等。
　　二、科技體制改革穩步向前推進
（一）機構改革
1、研究體系設置
　　撤銷了研究室建制，設立食品科學研究中心，下設食品化學與營養、微生物與發酵工程、食品質量與安全、農產品輻照與貯藏、功能食品、食品工藝六個實驗室。
根據食品科學與工程學科的特點和研究服務對象，組建了可進行工業化生產示范的、能達到中試水平的農產品加工工程中心；依靠我所的研究和開發力量，擴建了農產品質量監督檢測檢驗中心；建立了聯系企業、用戶、消費者和研究所科技人員的咨詢服務中心。
2、管理機構設置
　　將黨辦人事處和行政辦公室合并為綜合辦公室，工作人員由建所前的7名精簡為4名，管理隊伍更加精干，工作質量和效率得到提高。綜合辦公室主要承擔全所黨務、人事、行政、財務、固定資產、離退休人員管理等工作。
科技處承擔科研管理、成果轉化、科技開發、外事、研究生管理、科技檔案、圖書、學會、期刊等管理工作。
3、服務保障機構設置
　　后勤基建中心承擔基建（規劃與建設管理）和后勤部門(水、電、暖、綠化、衛生、保衛及綜合治理等)工作；
房地產管理部承擔全所房屋和土地使用管理。
（二）學科設置
　　依據研究所總體發展目標，在認真分析本所學科發展的基礎、條件和優勢的基礎上，確定了六個重點學科領域。
1、食品加工工藝：我院一級崗位杰出人才魏益民教授擔任首席專家。主要從事食品加工技術和工藝研究。近期研究重點是利用質構重組技術，研究和開發淀粉、蛋白質和果品資源加工原理、技術、工藝和產品。目前承擔的主要課題與項目有：主要糧食油料作物品種加工適用性研究；加入世貿組織與農業科技政策研究；“食品安全關鍵技術”信息共享平臺建設；千島湖野嬌嬌食品有限公司合作開發；高水分大豆蛋白組織化加工技術引進等。
2、功能食品：我院二級崗位杰出人才王強研究員擔任首席專家。主要進行功能性食品和新資源食品的研究與開發，包括天然活性因子的識別、分析檢測技術與方法研究、生物活性物質分離提取、純化技術及工藝，以及功能因子作用機理、功能性評價、毒理學評價、功能食品加工標準體系與全程質量控制體系研究。目前承擔的主要課題與項目有：功能食品加工技術研究與產品開發；類胡蘿卜素等天然產物高效提取技術與產品開發；農產品加工標準體系與全程質量控制體系研究與示范；果蔬茶及其加工產品質量標準研究；特用大豆加工特性研究與功能性產品的開發；高蛋白米粉、保鮮米粉品種篩選及加工工藝研究等。
3、農產品輻照與貯藏：我院二級崗位杰出人才哈益明教授擔任首席專家。主要從事農產品輻照及貯藏保鮮技術研究，包括農產品貯藏保鮮基礎研究、農產品和食品的輻照加工技術研究，產業化應用技術研究，及農產品相關標準的制定。目前承擔的主要課題與項目：食用農產品輻照加工基礎與工藝技術研究；食品儲藏包裝與運輸過程中安全性控制技術；冷藏肉及熟肉制品延長保質期技術研究；寧夏羊肉加工關鍵技術研究與新產品開發；主要農作物大面積豐產后倉儲技術研究；應用輻照保證切割甘藍的衛生安全；食品輻照在食物衛生、安全和貿易中的應用等。
4、食品微生物與發酵工程：我院二級崗位杰出人才呂加平研究員為學科帶頭人。主要從事食品微生物資源開發及應用和食品微生物污染機制及監控技術的研究。包括發酵食品高新技術研究和產品開發，發酵工程優良菌株、食品發酵劑和益生菌優良菌株的選育及應用技術研究，微生物酶學特性及應用技術研究，微生物對產品質量的影響機理及監控技術等。目前承擔的主要課題與項目：適合中國市場消費的發酵乳制品加工技術研究和新產品開發；L-乳酸高產優良菌株的篩選及發酵條件研究；牛羊肉品加工和綜合利用技術的研究和產業化；益生菌產業化技術研究和產品開發；杏仁的綜合加工技術研究與產品開發等。
5、食品質量與安全：我院三級崗位杰出人才潘家榮研究員擔任首席專家。主要從事食品安全關鍵技術研究，包括國內外食品安全法規體系、食品安全技術平臺建設、食品安全數據庫建設。目前承擔的主要課題與項目：轉基因生物安全性評價—生物轉基因成分放射免疫檢測試劑盒的研制；食品中高度有機磷農藥殘留快速檢測技術研究等。
6、食品化學與營養：我院二級崗位杰出人才木泰華研究員任首席專家。主要進行非加熱技術（超高壓及高壓脈沖電流）在農產品加工和貯藏上的應用研究。特別是通過對蛋白質的變性、聚合、凝膠化、物化和功能特性的解析，探索動植物蛋白質在食品工業中的應用。目前承擔的主要課題與項目：非加熱技術在農產品加工和貯藏上的應用；甘薯深加工關鍵技術研究與產業化示范；甘薯水溶性蛋白的提取及其物化特性的研究；“甘薯可溶性蛋白分離提取及其物化特性研究”。
（三）人事管理制度改革
　　根據新學科發展和改革的要求，重新設計了行政、科研和技術服務崗位；提出了具體的崗位職責，既有日常業務的崗位職責，又涉及到了崗位長遠發展的崗位職責。
對中層及以下干部全部實行競聘上崗。中層干部采取公開報名、現場答辯和黨政聯席會議研究相結合的辦法，產生了中層干部7名。其它崗位鼓勵全所職工參與，經過本人申請、公開答辯、民主評議、張榜公示，產生了各類崗位人員43位。按照研究所關于競聘上崗的有關規定，研究所與競聘上崗人員全部簽訂了聘用合同。為了加強對上崗人員的教育，提高工作能力和效率，先后進行了中層干部培訓和一般管理、服務人員培訓，收到了較好的效果。
　　為把人事制度改革措施落到實處，制定了職工年度工作考核辦法：考核堅持實事求是、客觀公正、民主公開和注重工作業績的原則；考核內容包括德（政治思想表現和職業道德表現）、能（學識水平、政策水平、業務技術水平及管理能力的運用、發揮和創新）、勤（工作態度、愛崗敬業、遵紀守法和日常出勤情況等）、績（簽訂的年度目標任務完成情況）四個方面；考核領導小組由所領導、部門負責人及職工代表組成，考核領導小組對被考核人的述職報告進行評議和討論，按照考核標準將被考核人的工作定為優秀、稱職、基本稱職或不稱職。
（四）分配制度改革
　　配合人事制度的改革，研究所對分配制度進行了相應的改革。改革的基本原則是：以崗定責，以責定績，按績取酬，責利與風險掛鉤。改革后的職工的工資由基礎工資、崗位工資、績效工資、獎勵工資四部分組成。
　　基礎工資為職工本人的原職務工資或等級工資；
　　崗位工資實行系數與基數制，不同崗位執行不同的系數；
　　績效工資與每個部門的經濟收入、個人貢獻掛鉤，上不封頂，下不保底。職工年度考核在稱職以上，享受績效工資；不稱職，不享受績效工資；基本稱職的，享受50%的績效工資；
　　綜合辦公室、科技處和后期基建中心等部門有關人員的獎勵工資，由所領導根據當年的經濟獎狀決定是否發放及發放金額；各企業根據本部門當年取得效益情況決定是否發放及發放數額，報人事部門和所領導批準，未完成目標任務不發放獎勵工資。
（五）服務體系改革
　　后勤服務按照“管理科學化、保障法制化、服務社會化”的目標進行改革。將后勤服務業務從行政辦公室剝離出來，組建了后勤基建中心。按照管理職能和服務職能分開的原則，行政管理職能集中到綜合辦公室，一般事務性和服務性工作，交由后勤基建中心承擔。后勤基建中心實行聘任制和有償服務，其業務主要包括基建（規劃與建設管理）和后勤(水、電、暖、綠化、衛生、保衛及綜合治理等)兩個部分。
　　后勤服務