程式華長期從事水稻遺傳育種研究，在水稻遺傳育種特別是三系法超級雜交稻遺傳育種研究方面取得了具有國際領先水平的成果。他與他的團隊創建了培育秈粳中間型恢復系的技術與方法，突破了利用亞種間雜種優勢選育超級雜交稻的技術瓶頸，首創以提高水稻生育后期光和能力為目標的育種技術體系，為超級雜交稻育種提供了新思路和方法。主持培育出通過國家和省級審定的雜交稻品種20個，其中6個品種被農業部確認為超級稻品種，4個品種9年次被農業部列為國家農業主導品種。育成品種在省內外累計推廣6000多萬畝，取得了顯著的社會和經濟效益。相關成果獲4項國家獎和多項省部級獎，其中以第一完成人獲國家技術發明二等獎和國家科技進步二等獎各1項，以參加人獲國家科技進步特等獎和二等獎各1項。
